He realizado los cambios que mes has comentado y ya consigo conectarme al Mega, y
poner un pin en nivel alto o bajo.
No estoy seguro de entenderte. ¿Quieres decir que ya consigues el cambio del pin mediante comandos DCC?
al intentar aislar todas las rutinas relacionadas con el apagado lento de los led (en el caso del Nano no me pasa), el Arduino deja de funcionar.
Como ya has visto el código es tan sumamente breve porque no usamos código de otras personas y lo hacemos todo desde cero, buscando optimizar al 100% los recursos del microcontrolador. Es por lo que programamos a nivel muy bajo, accediendo siempre que podemos a las prestaciones de los micros directamente, manipulando sus registros sin usar instrucciones de alto nivel. La contrapartida es que al cambiar de micro controlador, es decir, al pasar del AVR 328P de los Arduinos pequeños al 2560 del Mega, hay que revisar escrupulosamente toda esa programación. Puedes intentarlo comparando los manuales de instrucciones de cada uno de los micro controladores, disponibles online en la web de Atmel.
He encargado un Arduino Mega. Cuando me llegue podré enredar yo.
Comprado por Bangood que no me dice de dónde viene (o no he sabido verlo), así que ni idea de cuánto tardará.