Como has indicado, el relé la alimentación es independiente, tiene unida todas las masas, tanto el Arduino como el del relé.
Cuando el Arduino tiene un 1, compruebo físicamente tiene los 5 voltios, pero conecto la entrada que activa el relé me tira la tensión y lógicamente no activa el relé.
He probado el mismo relé conectado a un Arduino, con el ejemplo de Blink y funciona correctamente.
Muchas gracias, por la ayuda.
Lo seguiré estudiando, si averiguo el problema lo comentaré.
Saludos