Para manejar semaforos, pasos a nivel, desvios o lo que quieras necesitas unos modulos de accesorios que se conectan a la "via" y los controlas como una locomotora mas.
Otra cosa distinta es que cuando pase tal o cual tren cambie el semaforo a no se que color o suban/bajen las barreras. Esto empieza a ser una automatizacion de la maqueta y la multimaus no te sirve ni por el forro.
Para hacer lo que tu quieres tampoco te hacen falta muchas complicaciones. Unos detectores que te controlen el paso a nivel al paso de los trenes y otro tanto para el/los semaforos. Tienes uchos circuitos por internet para hacer esto.
Un consejo, empieza con la central que quieras, experimenta y aprende y despues pasa a las automatizaciones o a lo que quieras que antes de llegar a esto hay mucho tajo en medio.